Undangan Seminar & Workshop Bioinformatika (17 Maret 2005)
Oleh : Dr. Arief Budi Witarto
Rabu, 2 Maret 2005 (13:22 WIB) dari IP 202.155.39.179

Seminar & Workshop Bioinformatika

Undangan Peserta dan Pembicara (versi 1)

Ledakan informasi biologi molekuler (DNA, RNA,
Protein) dan kemajuan teknologi informasi (komputer,
internet) bersinergi menciptakan bidang multi
disiplin baru yaitu bioinformatika. Bioinformatika
kemudian menjadi katalis terjadinya revolusi ome
yaitu perkembangan pesat ilmu hayati yang bersifat
komprehensif dan menyeluruh seperti dicontohkan
oleh genome, proteome dll. Di sini kompleksitas
interaksi masing-masing unit penyusunnya dengan
probabilitas tak terhingga, tidak mampu lagi
dianalisa dengan eksperimen lab konvensional
tapi memerlukan bantuan analisa komputer.

Seminar dan Workshop ini bertujuan untuk
memperkenalkan kemajuan bioinformatika di dunia dan
perkembangannya di Indonesia. Selain pembicara
undangan, kami juga mengundang peserta yang
ingin mempresentasikan penelitiannya secara
lisan yang berhubungan dengan bioinformatika. Di akhir
sessi, akan diadakan Workshop yang akan memberikan
pengalaman bagi peserta untuk menggunakan berbagai
perangkat lunak dan memahami pengetahuan dan teknik
dasar untuk dapat memulai terjun dalam bidang yang
maju pesat dari riset sampai komersialisasinya ini.

Hari/tanggal: Kamis, 17 Maret 2005
Waktu : 09:00 - 16:00
Tempat : Pusat Penelitian Bioteknologi - LIPI,
Komplek Cibinong Science Center,
Jalan Raya Bogor Km.46, Kecamatan
Cibinong, Kabupaten Bogor
Biaya : Rp. 100.000 (termasuk snack, sertifikat &
DVD berisi data dan software dasar untuk
melakukan eksperimen bioinformatika)
Pembicara : DR. Arief B. Witarto (LIPI),
Peneliti & pengajar bioinformatika
: DR. Anto S. Nugroho (Chukyo-U, Jepang),
Computer scientist
: DR. Dwi Handoko (BPPT),
Pengembang klaster PC

Pendaftaran : Via email ke witarto@yahoo.com
(sampai Senin 14/3/2005 sebagai peserta;
sampai Senin 7/3/2005 sebagai pembicara)
Host : Kelompok Penelitian Rekayasa Protein,
Puslit Bioteknologi - LIPI

Lampiran : Artikel tentang Bioinformatika
(Suara Pembaruan, 19 Mei 2003)

---

SUARA PEMBARUAN DAILY

Bioinformatika Menjelma Jadi Bisnis Besar

Kini, perpaduan antara bioteknologi dan teknologi
informasi (bioinfomatika) menjelma menjadi bisnis
besar. Produk-produk bioinformatika telah dipatenkan
oleh perusahaan-perusahaan biotek ternama di AS,
Eropa, dan Asia. Lalu dari mana Indonesia seharusnya
mengembangkannya? Teknologi chip DNA (deoxyrebase
nucleic acid) semakin mempercepat ledakan
informasi dari kemajuan bioteknologi seperti data
sekuen DNA dari pembacaan genom, data sekuen dan
struktur protein, sampai kepada data transkripsi
RNA (ribonucleic acid).


Perkawinan antara teknologi informasi dan bioteknologi
mendorong lahirnya bioinformatika yang digunakan untuk
mengorganisasi dan menganalisa data-data tersebut
menjadi sebuah informasi biologis yang bermakna. Tak
bisa disangkal lagi, teknologi informasi (TI) saat ini
telah menjadi mesin penggerak ekonomi sekaligus tren
gaya hidup manusia modern. Bahkan pencipta Mirosoft,
Bill Gates mengatakan bahwa penguasaan TI adalah cara
bagi dunia ketiga untuk melakukan lompatan mengejar
kemajuan dari negara maju.


Di samping TI, bioteknologi juga diyakini telah
menjadi lokomotif penggerak ekonomi masa depan. Dengan
kata lain siapa yang menguasai keduanya, maka dia akan
menguasai ekonomi dunia. Bioteknologi modern ditandai
dengan kemampuan manusia untuk memanipulasi kode
genetik DNA, "cetak biru kehidupan". Berbagai
aplikasinya telah merambah berbagai sektor
antara lain kedokteran, pangan, dan lingkungan.

Rahasia Genom

Aplikasi TI telah mempercepat pembacaan sekuen genom
manusia seperti yang dilakukan perusahaan bioteknologi
AS, Celera Genomics. Dalam waktu singkat (beberapa
tahun) perusahaan tersebut mampu menghasilkan temuan-
temuan baru tentang rahasia genom manusia dibanding
usaha konsorsium lembaga riset publik Eropa dan AS
lainnya yang lebih dari 10 tahun. Menurut pakar
bioteknologi dari Lembaga Ilmu Pengetahuan Indonesia
(LIPI), Dr Arief B Witarto, kontribusi TI (perangkat
keras maupun lunak) telah melahirkan bidang
bioinformatika yang kian penting di masa depan.
"Tidak hanya mengakselerasi kemajuan bioteknologi
namun juga menjembatani dua gelombang ekonomi baru
yaitu TI dan bioteknologi," ujarnya.

Bioteknologi modern yang lahir pada tahun 1970-an
diawali dengan inovasi ilmuwan AS mengembangkan
teknologi DNA rekombinan. Perusahaan bioteknologi
pertama di dunia, Genentech di AS, memanfaatkan
temuan itu dengan memproduksi protein hormon,
insulin yang dibutuhkan penderita diabetes dalam
bakteri. Selama ini insulin hanya bisa didapatkan
dalam jumlah sangat terbatas dari organ pankreas sapi.
Dalam perkembangan selanjutnya produk bioteknologi
telah merambah ke berbagai kebutuhan hidup sehari-
hari seperti pangan dan kosmetika, tutur Arief.

Aplikasi TI, menurut Arief, terutama didasari desakan
kebutuhan untuk mengumpulkan, menyimpan, dan
menganalisis data-data biologis dari database DNA,
RNA, maupun protein. Keberadaan database adalah
syarat utama dalam analisa bioinformatika dan
database informasi dasar telah tersedia saat ini.
Pemilik database DNA terkemuka adalah GenBank di
AS, sementara database protein dapat ditemukan di
Swiss-Prot, Swiss (untuk sekuen asam aminonya) dan
di Protein Data Bank (PDB), AS (untuk struktur
3D-nya).

Data dalam database itu hanya kumpulan/arsip data yang
biasanya dikoleksi secara sukarela oleh para peneliti,
namun saat ini banyak jurnal atau lembaga pemberi dana
penelitian mewajibkan penyimpanan dalam database.
Menurut Arief, trend pembuatan database saat ini
adalah isinya yang makin spesialis. Arief menyontohkan
untuk protein struktur ada SCOP dan CATH yang
mengklasifikasikan protein berdasarkan struktur 3D-nya.
Selain itu ada PROSITE, dan Blocks yang berdasar pada
motif struktur sekunder protein.

Tak kalah penting dari data eksperimen tersebut adalah
keberadaan database paper yang terletak di Medline.
Link terhadap publikasi asli biasanya selalu tercantum
dalam data asli sekuen. Perkembangan Pubmed terakhir
yang penting adalah tersedianya fungsi mencari paper
dengan topik sejenis dan link kepada situs jurnal
on-line sehingga dapat membaca keseluruhan isi paper
tersebut.

Pencarian Database

Setelah informasi terkumpul dalam database, langkah
berikutnya adalah menganalisa data. Pencarian database
umumnya berdasar hasil alignment (penyejajaran sekuen),
baik sekuen DNA maupun protein. Metode ini digunakan
berdasar kenyataan bahwa sekuen DNA/protein bisa berbeda
sedikit tetapi memiliki fungsi yang sama. Misalnya
protein hemoglobin dari manusia hanya sedikit berbeda
dengan ikan paus.

Kegunaan dari pencarian ini adalah ketika mendapatkan
suatu sekuen DNA/protein yang belum diketahui
fungsinya maka dengan membandingkannya dengan yang ada
dalam database bisa diperkirakan fungsi dari padanya.
Algoritma untuk pattern recognition seperti Neural
Network dan Genetic Algorithm telah dipakai dengan
sukses untuk pencarian database ini.

Salah satu perangkat lunak pencari database yang
paling berhasil dan bisa dikatakan menjadi standar
sekarang adalah BLAST (Basic Local Alignment Search
Tool). Perangkat lunak ini telah diadaptasi untuk
melakukan alignment terhadap berbagai sekuen seperti
DNA (blastn) dan protein (blastp). Baru-baru ini
versi yang fleksibel untuk dapat beradaptasi
dengan database yang lebih variatif telah dikembangkan
dan disebut Gapped BLAST serta PSI (Position Specific
Iterated)-BLAST.

Data yang memerlukan analisa bioinformatika dan cukup
mendapat banyak perhatian saat ini adalah data hasil
chip DNA. Menggunakan perangkat ini dapat diketahui
kuantitas maupun kualitas transkripsi satu gen
sehingga bisa menunjukkan gen-gen apa saja yang aktif
terhadap perlakuan tertentu, misalnyatimbulnya kanker.
mRNA (messenger) yang diisolasi dari sampel
dikembalikan dulu dalam bentuk DNA menggunakan reaksi
reverse transcription. Selanjutnya melalui proses
hibridisasi, hanya DNA yang komplementer saja yang
akan berikatan dengan DNA di atas chip.

DNA yang telah diberi label warna berbeda ini akan
menunjukkan pattern yang unik. Berbagai algoritma
pattern recognition telah digunakan untuk mengenali
gen-gen yang aktif dari eksperimen DNA chip ini.
Salah satunya yang paling ampuh adalah Support
Vector Machine (SVM).

Saat ini bioinformatika telah menjelma menjadi bisnis
besar. Perusahaan bioteknologi yang menghasilkan data
besar seperti perusahaan sekuen genom senantiasa
memerlukan bagian analisa bioinformatika. Produk
bioinformatika pun sudah dipatenkan baik di AS, Eropa,
maupun Asia. Menurut Arief, berdasar jenisnya produk
paten terdiri dari perangkat lunak bioinformatika.
Termasuk di antaranya adalah perangkat lunak pencarian
database. Paten selanjutnya, menurut Arief, adalah
metode bioinformatika yang menganalogikan metode bisnis
seperti pada kasus pematenan Amazon.com. Sedangkan
yang terakhir adalah produk bioinformatika itu sendiri
yaitu informasi biologis hasil analisisnya.

Mulai dari Mana?

Di Indonesia bioinformatika masih belum dikenal oleh
masyarakat luas. Di kalangan peneliti sendiri, mungkin
hanya para peneliti biologi molekuler yang sedikit
banyak mengikuti perkembangannya karena keharusan.
Sementara itu di kalangan TI masih kurang mendapat
perhatian. Ketersediaan database dasar (DNA, protein)
yang bersifat terbuka/gratis merupakan peluang besar
untuk menggali informasi berharga daripadanya.
Sudah disepakati, database genom manusia misalnya akan
bersifat terbuka untuk seluruh kalangan. Dari situ
bisa digali kandidat-kandidat gen yang memiliki
potensi kedokteran/farmasi.

Menurut Arief, dari sinilah Indonesia dapat ikut
berperan mengembangkan bioinformatika. Kerjasama
antara peneliti bioteknologi yang memahami makna
biologis data tersebut dengan praktisi IT seperti
programmer akan sangat berperan dalam kemajuan
bioinformatika Indonesia nantinya. (SE/B-12)

Last modified: 19/5/03

[end]

Bapak-Ibu pendaftar Seminar & Workshop
Bioinformatika yth


Terimakasih atas minatnya dalam acara ini dan
niatnya untuk berpartisipasi.

Selanjutnya, berikut adalah informasi terkait
sebagai tindak lanjutnya.

1. Biaya partisipasi Rp.100.000

Bisa dibayarkan di tempat Seminar pada hari H,
bisa juga ditransfer ke rekening bank sebagai
berikut.
- Bank BCA
- Cabang: KCP Proklamasi Depok
- No.rekening: 6610224901
- Atas nama: Arief Budi Witarto

2. Mengisi data peserta

Silakan mengisi data peserta berikut dan dikirim
via email (utk sertifikat dll).
- Nama lengkap (dg gelar akademik):
- Jenis Pekerjaan:
- Alamat Pekerjaan/Sekolah:

3. Petunjuk cara pergi ke lokasi

a. Bila dengan kendaraan sendiri

Lewat jalan tol Jagorawi, turun di pintu tol
Sirkuit Sentul, belok kanan lewat bawah tol,
ikuti jalan lurus, sampai pertigaan jalan raya
bogor, belok kanan, lurus, melewati jembatan
penyeberang PT Great River, perhatikan di kanan
jalan tidak lama lagi ada palang LIPI tanda
masuk komplek Cibinong Science Center (pas
jalan menikung ke kiri). Selanjutnya tinggal
mengikuti petunjuk di dalam.

b. Bila dengan kendaraan umum

Dari terminal bus Kampung Rambutan, naik minibus
jurusan Bogor yg lewat Jalan Raya Bogor, tidak
lewat jalan tol. Setelah jembatan layang Cibinong,
pasar Cibinong yg ramai, lalu perhatikan di kanan
ada pertigaan dg gapura besar yg adalah kantor
Pemda Kab.Bogor, tak lama di kiri jalan (menikung)
ada palang LIPI. Turun di situ, tinggal jalan
kaki mengikuti petunjuk. Tidak perlu naik ojek.
Sewaktu di bus, bilang ke kenek bus utk bayar
ongkos, tujuan ke "BAKOS", lebih dikenal drpd
bilang "LIPI".

Demikian, semoga informasi ini membantu.
Bila masih ada yg ingin ditanyakan, silakan
kontak langsung ke saya di email ini atau
lewat HP ke 0856-1084053.

4. Update berita acara ini akan dikirim via email
menyusul. Silakan ditunggu.

Wassalam,

Arief B. Witarto-Cibinong Science Center

PERHATIAN : Semua data terminal yang mengakses otomatis dicatat sebagai arsip serta untuk kenyamanan bersama.

judul	:
penulis	:	username :     password :
isi	:

» kirim ke teman
» versi cetak
» berbagi ke Facebook
» berbagi ke Twitter
» markah halaman ini